W lipcu 2007 roku Kuba Błaszczykowski wyjechał z Polski i dołączył do potentata niemieckiego futbolu – Borussii Dortmund. O transferze było wiadomo już w lutym, kiedy to krakowska Wisła oficjalnie zakomunikowała osiągnięcie porozumienia z włodarzami niemieckiej drużyny. Błaszczykowski podpisał pięcioletnią umowę z zespołem z Bundesligi, który zapłacił za Polaka około czterech milionów euro, co wtedy było jedną z najwyższych kwot, za którą kupiono zawodnika z naszej rodzimej ligi, droższy był jedynie Maciej Żurawski, który rok wcześniej dołączył do Celtiku Glasgow, również z krakowskiej Wisły. Dyrektor sportowy niemieckiego klubu Michael Zorc do dziś świetnie wspomina transfer Błaszczykowskiego, nazywając swoimi „najlepiej wydanymi pieniędzmi na tym stanowisku”. Niemcy mieli duże problemy z jego nazwiskiem, które jest bardzo trudne w wymowie dla obcokrajowca. Przez całą swoją karierę w Borussii występował w koszulce z napisem „Kuba”, zamiast „Błaszczykowski”.
Po raz pierwszy w barwach Borussii Dortmund zagrał w towarzyskim meczu przeciwko AS Romie, od razu strzelając gola i notując asystę, niemieckie media okrzyknęły go zawodnikiem meczu, wystawiając zarazem najwyższe noty spośród wszystkich zawodników obecnych na boisku. Oficjalny debiut zaliczył w ligowym meczu 12 sierpnia 2007 w przeciwko MSV Duisburg. Już w piątej kolejce ligowej zagrał w pierwszym składzie i rozegrał pełnowymiarowe spotkanie w meczu przeciwko Werderowi, w którym to popisał się dwoma asystami.
Na swojego pierwszego gola w Borussii Dortmund musiał poczekać aż do 16. kolejki ligowej, w której to trafił do siatki, pokonując bramkarza Arminii Bielefeld w wysoko wygranym meczu (6:1). Przez całą kampanię 07/08 był podstawowym zawodnikiem „Borussen”, wystąpił w 24 ligowych meczach, strzelając jednego gola i cztery razy asystując. Niestety nie mógł dokończyć sezonu, wszystko przez kontuzje naderwanych włókien mięśniowych, która wyeliminowała go z treningów.
Świetna postawa Kuby Błaszczykowskiego nie przeszła bez echa, w grudniu 2008 został wybrany przez tygodnik „Piłka Nożna” najlepszym polskim piłkarzem roku, zaś na początku 2009 roku kibice niemieckiego klubu wybrali go na najlepszego zawodnika Borussii Dortmund. Błaszczykowski w plebiscycie wyprzedził Nevena Suboticia oraz Alexandra Freia, zdobywając ponad 1/3 wszystkich głosów.
Przez dwa kolejne sezony święcił w Borussii największe sukcesy. W kampaniach 2010/2011 i 2011/2012 razem z drużyną świętował zdobycie tytułu mistrza Niemiec, detronizując największego rywala – Bayern Monachium. Razem z Robertem Lewandowskim oraz Łukaszem Piszczkiem, którzy latem 2010 roku dołączyli do Borussii, stworzyli siejące postrach polskie trio, które niczym walec miażdżyło rywali w niemieckich rozgrywkach oraz w Lidze Mistrzów. 13 września 2011 roku po raz pierwszy w karierze wystąpił w rozgrywkach Ligi Mistrzów w meczu przeciwko Arsenalowi, w którym to Borussia zremisowała 1:1. Dwa miesiące później w starciu z Olympique Marsylią zdobył pierwszego gola w najważniejszym, klubowym europejskim czempionacie. Łącznie w Lidze Mistrzów udało mu się strzelić trzy gole.
Kuba przez wiele lat był podstawowym, prawym pomocnikiem drużyny. Miał bezgraniczne zaufanie ze strony Jurgena Kloppa i sympatyków klubu, u których miał status gwiazdy i idola. 25 maja 2013 roku Jakub Błaszczykowski zagrał w finałowym meczu Ligi Mistrzów przeciwko Bayernowi Monachium. Klub z Dortmundu uległ swojemu największemu rywalowi, przegrywając 1:2. Kuba nie pokazał się w tym spotkaniu ze swojej najlepszej strony i został surowo oceniony przez niemieckie media.
25 stycznia 2014 roku w meczu ligowym przeciwko Augsburgowi, Błaszczykowski doznał bardzo poważnej kontuzji kolana, która wyeliminowała go całkowicie gry. Po powrocie ze żmudnej rehabilitacji stracił miejsce w wyjściowej jedenastce. Kuba nie miał szans na regularną grę, sytuacja pogorszyła się w momencie, gdy z Borussii odszedł trener Jurgen Klopp. Nowo przybyły szkoleniowiec Thomas Tuchel nie widział miejsca dla polskiego zawodnika w kadrze. Podjęto decyzję o zmianie klubu, Kuba sezon 15/16 rozegrał w barwach AFC Fiorentina na zasadzie wypożyczenia.
Po niezbyt udanej, włoskiej przygodzie, Kuba powrócił do szeregów klubu z Dortmundu. Jego sytuacja nie uległa zmianie i nie mógł liczyć na występy w drużynie, Tuchel miał już obsadzoną prawą stronę pomocy i Błaszczykowskiemu brakowało miejsca. Nadszedł czas rozstania – Kuba na zasadzie definitywnego transferu opuścił Borussię Dortmund, dołączając do drużyny Vfl Wolfsbug. Kibice z żalem pożegnali swojego idola, który przez wiele lat stanowił o sile zespołu.
Podsumowanie występów Jakuba Błaszczykowskiego w drużynie Borussii Dortmund: